Una vez consignados los datos de la alerta, el usuario debe establecer sus preferencias en cuanto a la frecuencia, el número de ítems que desea recibir en cada actualización y el formato en el que le llegararán a su cuenta.
Frecuencia

El usuario puede elegir la periodicidad, diaria, semanal, o mensual, y el día preferido para recibir las nuevas referencias
Formato

La elección del formato es importante porque determinará las opciones del investigador en cuánto a la recuperación y utilización de las referencias recibidas. En resumen, el formato de los registros determina lo que el usuario puede hacer o no con ellos.

El formato en texto plano "summary" o "Abstract" se adapta mejor al trabajo con un procesador de textos, facilita "cortar y pegar", manejar listas impresas, etc.

El formato PubMed/MEDLINE está preparado para la exportación de referencias a un gestor bibliográfico: Zotero, EndNote, RefWorks, etc.

Los formatos "Summary" y "Abstract", presentan las referencias en leguaje web permitiendo la navegación de modo que el investigador puede acceder a través de los enlaces a los textos completos, a otras referencias similares por la materia, del mismo autor, etc.