Se pueden guardar de forma permanente, listas de referencias archivadas como colecciones. El sistema permite crear una nueva colección o integrar los registros en colecciones ya creadas, pero,en cualquier caso, siempre hay que partir de una búsqueda ejecutrada en PubMed. Desde la pantalla de visualización de resultados, se seleccionan los ítems, se despliega el menú correspondiente, y con la opción "Collections", las referencias se envían a la cuenta personal del investigador My NCBI.