Los filtros de una base de datos son herramientas que permiten "refinar" las búsquedas. Se plican a un lista de resultados, de modo que el sistema mostrará, separándolos de la lista total, sólo aquellos registros que cumplan con el criterio establecido por el filtro.
PubMed presenta en la pantalla de visualización de resultados una menú de filtros por defecto. La cuenta personal My NCBI dispone de un área de filtros desde la que se pueden activar los que no se muestran en pantalla, así como crear otros nuevos. De este modo, el investigador puede personalizar aún más las herramientas para la búsqueda.
Acceso

Una vez dentro del área de filtros de la cuenta My NCBI, es preciso seleccionar la base de datos PubMed. Cada recurso de información NCBI,cuenta con sus propias herramientas, y por tanto, la personalización es particular y específica para cada uno de ellos.
Pantalla de filtros

La pantalla de filtros de My NCBI se divide en dos parres:
- En la parte izquierda aparece la lista de los filtros que están activos en el momento, y el botón para crear nuevos.
- En la parte derecha se encuentra la oferta de filtros disponibles organizados por categorías.
Tipos

Para comprobar las opciones que oferta la base de datos, hay que desplegar la lista correspondiente a cada categoría. El investigador seleccionará el filtro de su interés teniendo en cuenta en que grupo se ha clasificado. Los tipos de filtro son:
- Popular: los más utilizados, como revisiones, limitar a los últimos cinco años, acceso a los textos completos, etc.
- LinkOut: enlaza con los recursos de una institución como catálogos de bibliotecas. Requiere un acuerdo previo.
- Propieties: otros filtros por características tales como, limitar por grupos de edad, por humanos o animales, por género, etc.
- Links: enlaces a otras bases de datos o recursos, como a PubMed Central.