PubMed permite crear nuevos filtros para refinar las búsquedas por criterios que en un momento dado pueden ser necesarios, pero que no están incluidos en la base de datos. Para entrar en la pantalla de creación de un filtro, hay que pulsar el botón correspondiente y seguir los pasos siguientes:

• Escribir el término que se utilizará como filtro en el caja de búsqueda.
• El sistema "chequeará" la base de datos para hacer una comprobación, y en el caso de que se localizen coincidencias, mostrará el número de resultados estimados correspondiente al término. El investigador podrá así evaluar la eficacia del filtro antes de su creación.
• Cajetín para nombrar el filtro. Con el nombre que se le asigne en este momento, aparecerá después en la pantalla de visualización de resultados. Es importante que sea significativo para que exprese con exactitud el criterio por el que se prentenderá "refinar" las listas de referencias obtenidas en las búsquedas.
• Por último guardar los cambios

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El filtro  creado aparecera en el panel de filtros pero sin activar. Para que esté operativo, es preciso activarlo marcando su casilla de selección.

El filtro creado se visualizara  en la pantalla de resultados en el menú "MY NCBI Filters", esto es, en la lista pesonalizada de filtros creado por el investigador desde su cuenta.