El "Historial" conserva las búsquedas realizadas numerándolas de forma consecutiva según fueron ejecutadas. También contabiliza el número de resultados obtenidos en cada una de ellas. Se borra después de 8 horas de inactividad. El sistema ofrece la posibilidad de descargar y consevar el "Historial" en formato CVS.  

Algunas funciones del Historial son:

• Permite evaluar la sesión. Al conservar las cadenas de búsqueda, el investigador puede comprobar cuales fueron los términos más pertinentes en una estrategia, y cuales resultaron irrelevantes.
• Conserva cada búsqueda realizada durante la sesión con la posibilidad de recuperar los resultados si fuera necesario. De este  modo, se puede volver a los resultados de las búsquedas previas desde las posteriores.
• Permite la combinación de estrategias de búsqueda para crear cadenas muy complejas de forma relativamente sencilla.

Algunas opciones de su menú son:

• "Search": número de orden de cada búsqueda en la sesión
• "Actions": menú de operaciones que se pueden ejecutar con cada búsqueda
• "Details": muestra la estrategia de búsqueda con el sistema propio de PubMed
• "Query": cadena de búsqueda tal y como se ha planteado y ejecutado
• "Results" : número total de ítems obtenidos en cada búsqueda

Las opciones disponibles del menú "Actions", son:

• Enviar el término o la cadena de búsqueda a la Query Box
• Borrar el término o la cadena de búsqueda del historial
• Salvar la cadena de búsqueda como alerta en la cuenta personal My NCBI

Con la opción "Details", se pueden comprobar las operaciones que PubMed ha realizado para recupear la información. A esta estrategia se la conoce como "Mapeo automático de términos", y se puede anular buscando en campos específicos o entrecomillando los términos de búsqueda.