Zotero se estructura en tres columnas y una barra de herramientas en la parte superior.

Columnas

• Columna izquierda: Mi biblioteca contiene las carpetas que creamos según nuestros proyectos, temas, etc. 
• Columna central: contiene el listado de referencias de Mi biblioteca (todas las referencias de Zotero) o de las distintas carpetas.
• Columna derecha: podemos ver la información y los metadatos de una referencia específica seleccionada en la columna central.

Barra de herramientas

A través de la barra de herramientas podemos:

1. ​Crear carpetas.
2. Crear grupos y fuentes RSS.
3. Crear referencias manualmente.
4. Agregar referencias por identificador.
5. Agregar notas.
6. Añadir adjuntos.
7. Hacer búsquedas rápidas.
8. Hacer búsquedas avanzadas.
9. Localizar en CrossRef, Google Scholar, etc.
10. Sincronizar.