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Las carpetas o colecciones nos sirven para organizar las referencias por proyectos o temas de investigación.
Podemos crear un número ilimitado de carpetas o subcarpetas. Para ello, pulsamos sobre el icono "Nueva colección..." 
. Aparecerá una ventana emergente en la que introduciremos el nombre de la carpeta que queremos crear.
Con el botón derecho del ratón, podemos renombrar y borrar carpetas, así como crear subcarpetas.
Cuando añadimos referencias desde la web, Zotero nos permite elegir la colección en que se guardarán.
Para añadir a una carpeta referencias que ya existen en nuestra biblioteca, basta con seleccionarlas en la columna central y arrastrarlas y soltarlas en la carpeta de destino. Las referencias se añaden a la nueva colección pero no se eliminan de su ubicación original.
La carpeta "Mis publicaciones" permite crear un listado de nuestras propias publicaciones y compartirlas en nuestro perfil en Zotero.org. Solo podremos compartir los PDFs si poseemos los derechos para distribuirlos libremente.
Las etiquetas son palabras clave que asignamos a nuestras referencias. Se pueden importar automáticamente al añadir referencias bibliográficas desde bases de datos en la web o crearse manualmente.
Para añadir etiquetas manualmente, seleccionamos una referencia en la columna central de Zotero y luego la pestaña "Etiquetas" en la columna de la derecha. Hacemos clic en el botón "Añadir" e introducimos la palabra o frase que deseamos agregar. Las etiquetas pueden renombrarse haciendo clic en ellas y borrarse pulsando el botón
Las etiquetas se muestran en el selector de etiquetas, en la parte inferior de la columna izquierda de Zotero.
Al seleccionar una o más etiquetas, solo las referencias con dichas etiquetas aparecen en la columna central.
Haciendo clic con el botón derecho del ratón sobre una etiqueta, podemos renombrarla, eliminarla o asignarle un color. También podemos asignar una etiqueta a varias referencias arrastrándolas desde la columna central a la etiqueta del selector de marcas.
Zotero permite añadir notas subordinadas a una referencia o bien notas independientes.
Para crear una nota subordinada, hacemos clic en el icono "Nueva nota" 
en y seleccionamos “Agregar nota subordinada”, o vamos a la pestaña "Notas" de la columna de la derecha y pulsamos en "Añadir".
Para crear una nota independiente, pulsamos en el icono "Nueva nota" y seleccionamos "Nueva nota independiente". Son notas independientes que aparecen en la columna central junto a los demás registros.
Por último, podemos crear notas directamente desde la página web que estemos visitando. Seleccionamos el texto que queremos copiar, pulsamos el botón derecho del ratón, hacemos clic en “Guardar a Zotero “ y luego en “Create Zotero Item and Note from Selection”.
Se creará un registro de la página web con una imagen de su captura y nuestro texto como nota adjunta.
Cuando Zotero encuentra duplicados, permite unirlos en un solo registro. Esta fusión es reconocida automáticamente por los plugins de los procesadores de texto y no afecta a las citas y bibliografías que hayamos generado con ellos.
Para ello, vamos a la carpeta "Elementos duplicados". Al seleccionar un registro en la columna central, Zotero selecciona los otros elementos que cree que están duplicados. Fusionamos las referencias duplicadas, haciendo clic en "Fusionar elementos".
