Citavi presenta una estructura tripartita y una barra de herramientas en la parte superior.

Estructura: 

• Columna izquierda: Organización del conocimiento, es decir, carpetas que creamos según nuestros proyectos, además del esquema de categorías y palabras clave. Las referencias de nuestro trabajo estarán vinculadas a esta organización. El listado de referencias de Mi Proyecto (todas las referencias) o de las distintas carpetas aparece a la derecha, podemos, por tanto, visualizar organización y referencias en ésta misma columna. 
• Columna central: Información bibliográfica, metadatos, comentarios, enlaces, ubicaciones, etc. de cada referencia.
• Columna derecha: Visualización de los documentos adjuntos (PDFs), vistas en web o URL relacionadas para trabajar simultáneamente desde nuestra estación de servicio. 

Barra de Herramientas: 

1. Título: grabar títulos manualmente seleccionando el tipo de documento.
2. Buscar referencias por Identificador.
3. Eliminar.
4. Buscar en linea: búsqueda de referencias en bases de datos.
5. Bucar textos completos: de todos los títulos o de la selección determinada.
6. Buscar: buscador de elementos dentro del proyecto.
7. Lista de títulos: Guardar relación de referencias o impresión de las mismas.
8. Tablas: creación de tablas descriptivas con los datos bibliográficos de las referencias.
9. Citar: insertar referencia en Word.
10. Idea: crear ideas o comentarios.