La ruta verde consiste en que los investigadores depositan (auto-archivo) una versión de sus artículos publicados en repositorios institucionales o temáticos. Esta vía es considerada como la más óptima para aumentar las cuotas de acceso abierto porque no dependen tanto de los cambios en las políticas editoriales.
Un repositorio es un archivo digital que reúne, preserva y difunde en acceso abierto la producción científica de una institución o de un área temática, de una forma organizada.  Entre las características de este modelo para el acceso abierto:

• Los autores depositan, por medio de autoarchivo o archivo delegado, la versión final del artículo publicado o el manuscrito final revisado por pares en un repositorio en abierto.
• Se puede depositar antes, durante o después de su publicación. Por lo general, se deposita después de un período de embargo acordado con los editores que revisan y publican el artículo en revistas científicas comerciales.
• Sobre la vía verde del acceso abierto, por lo general, operan mandatos de publicación: las entidades que financian las investigaciones requieren de las instituciones y sus productores de conocimiento, que permitan el acceso libre de sus resultados a toda la comunidad.
• Este modelo se promueve de manera mayoritaria por la comunidad de acceso abierto formada por los investigadores y bibliotecarios.
• Una de sus ventajas es que el autor no paga por poner su trabajo en acceso abierto, ya que la mayoría de los repositorios son servicios públicos y gratuitos.
• Y entre sus desventajas: las editoriales académicas suelen exigir a los autores que les cedan el copyright de su trabajo durante un tiempo determinado, denominado embargo. Por ello, los autores no pueden hacer público el texto completo hasta que no se haya cumplido el embargo impuesto por el editor. Cada revista tiene sus propias políticas de cesión de copyright. Éstas marcan la capacidad de autoarchivo de los autores y los permisos sobre qué versiones de los artículos pueden ser depositadas en un repositorio.

Para conocer la política de una editorial o de una revista respecto al depósito de artículos en repositorios, se puede consultar la web del editor o de la revista o acudir a las siguientes bases de datos que recopilan estas políticas de las editoriales de revistas científicas:

Sherpa/Romeo registra las políticas de revistas académicas internacionales en relación con el auto-archivo de sus artículos en repositorios. En esta base de datos se puede consultar qué versiones de los artículos son las que los editores permiten depositar en los repositorios, si es necesario un período de embargo, los tipos de licencias etc.

Para revistas científicas españolas se puede consultar la base de datos Dulcinea:

En la siguiente infografía se puede un resumen de las diferentes versiones de un artículo científico y su depósito en los repositorios:

Según la Guía para la evaluación de repositorios institucionales de investigación (versión 2021), hay tres tipos de repositorios de acceso abierto:

• Repositorios institucionales: conjunto de servicios prestados por las universidades o centros de investigación a su comunidad para recopilar, gestionar, difundir y preservar su producción científica digital a través de una colección organizada, de acceso abierto e interoperables. Son creados por las propias organizaciones para depositar, usar y preservar la producción científica y académica que generan. Supone un compromiso de la institución con el acceso abierto al considerar el conocimiento generado por la institución como un bien que debe estar disponible para toda la sociedad. 
• Repositorios temáticos: recogen la producción de determinadas áreas de conocimiento a nivel internacional.
• Repositorios centralizados: recopilan la producción científica depositada en abierto por investigadores de distintas instituciones y de distintas áreas temáticas.

Los repositorios institucionales responden al compromiso de una institución de hacer visible y preservar su producción científica. Sus características más importantes son:

• Pertenecen a una institución de ámbito académico y/o científico
• Acumulativos, abiertos, interactivos y perpetuos
• Pueden almacenar cualquier tipo de documento en cualquier formato
• Documentos disponibles en texto completo y en acceso abierto (gratuito y libre de restricciones)
• Preservación digital de los objetos digitales depositados
• Servicios de valor añadido: servicios de alerta, suscripciones RSS, estadísticas de uso, etc.

Los objetivos y lo beneficios de los repositorios institucionales se pueden ver en la siguiente infografía:

Los repositorios temáticos, creados por instituciones académicas y organizaciones sin ánimo de lucro, recopilan contenidos especializados en un determinado campo científico. Fueron los primeros en crearse, anteriores a los repositorios institucionales. 

Algunos de los más importantes:

Entre los repositorios centralizados, el más conocido es Zenodo. Se trata de un repositorio multidisciplinar que puede acoger toda clase de materiales documentales y de productos resultantes de proyectos de investigación y de actividades académicas. Muchos repositorios están vinculados a instituciones concretas, por ejemplo, a universidades. En tales repositorios solo pueden depositar documentos los miembros de la institución correspondiente. Este fue uno de los motivos que llevó a la Unión Europea a crear este repositorio para que cualquier investigador o equipo de investigación del mundo, de cualquier ámbito o disciplina, disponga de un repositorio donde proceder al autoarchivo o depósito, y posterior difusión de sus trabajos, bajo cualquiera de sus formas, no solamente preprints o informes, sino vídeo, software, conjuntos de datos, etc..

Para buscar repositorios existen directorios,  buscadores y agregadores de repositorios. El más completo es OpenDOAR,  directorio mundial de  repositorios científicos de acceso abierto. Permite la identificación, navegación y búsqueda de repositorios, en función de una serie de características, como la ubicación, el software o el tipo de material contenido. Es posible buscar por repositorio, ver sus características, políticas, metadatos, estadísticas, etc. 

Este directorio se creó en 2005 fruto de un proyecto de colaboración entre la Universidad de Nottingham y la Universidad de Lund, financiado por el Open Science Institute, Jisc, el Consorcio de Bibliotecas de Investigación (CURL) y SPARC Europa.  Actualmente hay más de 4000 repositorios en este directorio. 

Otros directorios y recolectores internacionales:

En España

En España, RECOLECTA o Recolector de Ciencia Abierta, es el agregador nacional de repositorios de acceso abierto. En esta plataforma se agrupan todas las infraestructuras digitales españolas en las que se publican y/o depositan resultados de investigación en acceso abierto. RECOLECTA nació en el año 2007 fruto de la colaboración entre la Fundación Española para la Ciencia y la Tecnología (FECYT) y la Red de Bibliotecas Universitarias (REBIUN) de la CRUE.

También en España,  Hispana da acceso abierto a colecciones de patrimonio digital de archivos, bibliotecas y museos españoles:

Docta Complutense es el repositorio institucional de acceso abierto de la Universidad Complutense de Madrid que tiene como finalidad recopilar, gestionar, difundir y preservar su producción científica digital fruto de la actividad de sus docentes, investigadores y grupos de investigación. 

Entre los objetivos del repositorio institucional:

• Recoger y dar visibilidad a la producción científica de la Universidad Complutense.
• Incrementar la difusión, uso e impacto de la investigación.
• Reducir barreras a la publicación.
• Preservar a largo plazo la investigación de la universidad.

Desde su creación en 2004, primemro con el software Eprints y a partir de 2023 con DSpace, la universidad apostó de forma decidida por la vía verde de acceso abierto a los resultados y datos de investigación, consistente en el depósito de los mismos en repositorios institucionales y temáticos.