Tanto en su versión de escritorio como en su versión web, la interfaz de Mendeley Reference Manager reúne los siguientes elementos fundamentales:

1. Add new: para añadir nuevas referencias a la biblioteca personal de Mendeley.
2. All References: pulsando en esta opción volveremos a la biblioteca personal, mostrando todas las referencias.
3. Smart Collections: colecciones inteligentes. Mendeley organiza automáticamente la colección en función de ciertos criterios (añadidos recientemente, leídos recientemente, mis publicaciones, favoritos, papelera...).
4. Custom Collections: para organizar las referencias en colecciones personalizadas.
5. Private Groups: aquí aparecerán los grupos privados que creemos o de los que seamos membros.
6. Search: búsqueda en nuestra biblioteca de Mendeley.
7. Library Table: panel de la biblioteca. Aquí veremos todas las referencias de la colección seleccionada o del grupo.
8. Action Panel: panel de acciones. Aparece al seleccionar una o varias referencias marcando la casilla a su izquierda.
9. Info Panel: aparece al seleccionar una referencia pulsando sobre ella, mostrando sus metadatos.
10. Library: pulsando esta opción volveremos a la vista principal de la biblioteca.
11. Notebook: con el cuaderno de notas podemos registrar nuestras ideas sobre las referencias con las que estamos trabajando.
12. Sincronización: Mendeley sincroniza automáticamente con la nube todos los cambios realizados. De este modo, además de guardado, nuestro trabajo está disponible en cualquier dispositivo.
13. Nuestro perfil: pulsando en este menú desplegable accedemos a nuestra página de perfil, al soporte y ayuda o podremos salir de la cuenta.